LabDAO načrtuje prihodnost odprtokodne umetne inteligence za odkrivanje zdravil

Projekt Folding@home je bil ves čas pandemije COVID-19 na naslovnicah zaradi usklajevanja neuporabljene računalniške moči za raziskovanje iskalnega prostora zvijanja beljakovin za boj proti novemu koronavirusu. Pobuda je omogočila državljanom, da so sami po sebi znanstveniki, in je izvajala obsežne simulacije različnih molekularnih konfiguracij proteinov v porazdeljenem omrežju "vpisanih" računalnikov po vsem svetu.

Ta decentralizirana paradigma je bila napovedana za združevanje ljudi okoli skupnega problema in učinkovito množično pridobivanje računalniške moči, toda kaj, če bi bila računalniška moč in infrastruktura za reševanje problemov nasprotni? Z drugimi besedami, kaj če bi lahko posamezniki izvajali lastne projekte z izkoriščanjem akumulirane računalniške moči in orodja za biološko eksperimentiranje?

LabDAO te sanje uresničuje s svojo platformo PLEX. PLEX je odprtokodno orodje ukazne vrstice, zasnovano tako, da omogoči dostop ne le do računalniških virov, ampak tudi do različnih orodij za biološko strojno učenje (skovan paket »BioML« v okviru LabDAO) v različnih okoljih. Ne glede na to, ali eksperimentirate s priklopom majhnih molekul ali lastnimi simulacijami zvijanja beljakovin, PLEX omogoča uporabnikom, da se dotaknejo knjižnice orodij LabDAO, delijo rezultate in jih vizualizirajo v manj kot petih minutah.

Ta zbirka orodij in njegova platforma, ki omogoča uporabo poleg tega, je bila predstavljena na Zuzalujevem vrhu Blockchain Meets Biology v začetku aprila, kjer je članica osrednje ekipe LabDAO Lily Hansen-Gillis od začetka do konca demonstrirala simulacijo notranje molekularne dinamike beljakovine, da najde svojo najbolj stabilno konfiguracijo. Nato je kot samoizklicana »nekoderka« popeljala občinstvo skozi vse od začetka do konca – vse z računalnikom, WiFi, PLEX v ukazni vrstici in nič več.

V širšem smislu je LabDAO decentralizirana platforma, ki podpira web3 (del večjega gibanja »DeSci«), ki se zavzema za ustvarjanje bolj produktivnega okolja za odkrivanje zdravil na podlagi odprte kode. Z dajanjem najsodobnejših orodij in virov na voljo širšemu ekosistemu želi LabDAO ustvariti pravo okolje za pregleden in dostopen znanstveni napredek. Ne glede na to, ali raziskovalci odpravljajo potrebo po lastni strojni ali računalniški infrastrukturi ali objavljajo rezultate eksperimentov v knjigi verige blokov, tako da so sledljivi in ​​ponovljivi, je organizacija zavezana k temu, da s sodelovanjem omogoči več inovacij – z odpravljanjem ovir, ki jih povzročajo slabe uporabnost in ločeno, nišno strokovno znanje.

Prizadevanja LabDAO za izgradnjo tega DeSci sveta prihodnosti za danes so nedavno prejela spodbudo v obliki kroga financiranja v višini 3.6 milijona dolarjev od različnih drugih DAO-jev, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan in drugih. Ta dotok podpore bo prispeval k nenehnim prizadevanjem za izdelavo orodij odprtokodne programske opreme in okrepitev raziskovalnega ekosistema LabDAO.

Kar zadeva sam PLEX, takojšnji naslednji koraki na obzorju vključujejo preizkušanje platforme v različnih znanstvenih sodelovanjih, zbiranje različnih orodij v vsebnike in zbiranje potrebne strojne opreme za spodbujanje omrežja BioML.

Dolgoročno pa bo morda naslednje zdravilo, ki bo rešilo življenja med naslednjim večjim izbruhom nalezljive bolezni, zasnovano z močjo PLEX, en decentraliziran korak naprej. Ker ekosistem še naprej raste, bo le čas pokazal svoje.

Hvala Aishani Aatresh za dodatne raziskave in poročanje o tem članku. Sem ustanovitelj SynBioBeta in nekatera podjetja, o katerih pišem, so sponzorji Konferenca SynBioBeta. Za več vsebin se lahko naročite moje tedensko glasilo.